E’ stato ordinato sacerdote il 15 marzo 1970 e dal 1981 al 2000 è stato parroco nella Basilica di Santa Maria in Trastevere in Roma; è stato inoltre assistente ecclesiastico della Comunità di Sant’Egidio ed è postulatore della causa di beatificazione dell’arcivescovo di San Salvador Oscar Arnulfo Romero.

Il 2 aprile del 2000 è stato ordinato vescovo di Terni Narni Amelia nella Cattedrale di San Giovanni in Laterano. Dal 2002 è presidente della Federazione Biblica Cattolica Internazionale e dal 2004 al 2009 è stato anche presidente della Commissione Ecumenismo e dialogo della Conferenza Episcopale Italiana.

Ha svolto un importante il ruolo nel dialogo tra il Vaticano e la chiesa ortodossa romena e russa e ha seguito con particolare cura la situazione balcanica. E’ stato il primo prete che ha avuto il permesso di entrare in Albania prima delle elezioni libere del marzo 1991. E’ stato membro della Delegazione Pontificia per la prima Visita Pastorale in Albania e in questa veste ha ottenuto la riapertura del Seminario e la riconsegna della Cattedrale di Scutari. La sua azione è stata particolarmente impegnativa per le questioni relative al Kosovo, riuscendo a realizzare l’unico accordo tra Milosevic e Rugova per la normalizzazione del sistema scolastico-educativo nella regione e ottenendo il rilascio di Rugova durante la guerra del 1999.

Per il suo impegno per la pace ha ricevuto nel 1999 la Medaglia Gandhi dell’Unesco e nel 2003 il Premio Madre Teresa dal governo albanese.

E’ stato insignito inoltre premio del San Valentino d’Oro, del Premio per il dialogo Città di Orvieto, del Premio Grinzane Terra d’Otranto, del premio ““Ernest Hemingway Lignano Sabbiadoro” e del premio per il Terzo centenario di San Danilo principe di Mosca, consegnatogli dal Patriarca Alessio.

Ha collaborato alla cattedra di Storia Contemporanea alla Sapienza di Roma e ha pubblicato studi e articoli sulla storia sociale e religiosa nonché sulla storia della povertà.

Il 26 giugno 2012 papa Benedetto XVI lo ha elevato alla dignità di arcivescovo e lo ha nominato presidente del Pontificio Consiglio per la Famiglia.